Die Sektion Medizinische Mikrobiologie besteht aus der Abteilung für Immunologie, der Abteilung für Virologie und der Mikrobiologischen Zentraldiagnostik. Die Arbeiten der Abteilung für Immunologie beschäftigten sich hauptsächlich mit der Interaktion zwischen Erregern und Komponenten des Immunsystems, einige Arbeiten berühren jedoch auch Fragen der Grundlagen der Immunologie mit Bezug auf Infektionsimmunologie, wie z.B. Antigen-Processing oder T-Zell-Rezeptor-Funktionen. Die Arbeiten zu Trypanosoma cruzi wurden ausgedehnt. Ein Kooperationsprojekt mit der Universität von Pernambuco in Recife, Brasilien, zur T-Zell-Immunologie der Chagas-Krankheit des Menschen wurde, unterstützt von der Volkswagen-Stiftung, begonnen. Die Arbeiten am Mausmodell der Chagas-Krankheit wurden fortgesetzt und betrafen hauptsächlich Ursprung und pathogenetische Rolle der starken Zytokin-Antwort, die durch Trypanosoma cruzi ausgelöst wird. Die Abteilung beteiligte sich am Onchocerciasis-Programm des Institutes mit einer Studie zur Antigen-Spezifizität von Onchocerca volvulus-spezifischen T-Zellen bei Patienten in Guinea. Als Modellsystem einer Filarien-Infektion wurde der volle Zyklus von Litomosoides sigmodontis in BALB/c Mäusen etabliert, wobei Milben als Vektoren dienten. Dieses Modell erlaubt eine Analyse der Schutzmechanismen, die früh nach der Infektion, möglicherweise im L3 Stadium der infektiösen Larve, wirksam sind. Die Arbeiten zur Signaltransduktion in menschlichen T-Zellen wurden weiterverfolgt und auf bovine T-Lymphozyten, die durch Theileria parva transformiert wurden, ausgedehnt, um den Mechanismus der Transformation zu analysieren.

In der Abteilung für Virologie wurden 1996 an folgenden Viren Untersuchungen durchgeführt:
1. HIV-1, 2. Lassa-Virus, 3. Hanta-Virus und 4. Dengue-Virus. Im Rahmen des BMBF-AIDS-Schwerpunktes wurden die Arbeiten am HIV-1 weitergeführt. Für die Struktur der äußeren Hülle des HIV-1 (gp 160), für das ein 2. Rezeptor auf verschiedenen Lymphozyten und Makrophagen gefunden wurde, konnte eine Genkassette konstruiert werden. Weiter wurde die Bindung und Variabilität des gp 160 V3 loops analysiert.  Die unterschiedlichen Immunreaktionen in verschiedenen ethnischen Gruppen gegen verschiedene V3 Loop Proteine des HIV diente der Identifizierung von Infektionen mit verschiedenen HIV-1 Subtypen. Studien des Lassa-Fiebers in Guinea führten zur Identifizierung weiterer Lassa-Virus Stämme, die möglicherweise unterschiedliche Pathogenität aufweisen. Während einer Feldstudie in Guinea wurden Lymphozyten von Patienten mit Lassa-Antikörpern gesammelt. Dieses Material soll zur Untersuchung der T-Zell Immunität bei Menschen aus Lassa-Endemiegebieten dienen. Ein neues Hanta-Virus, das in Norddeutschland zu Pneumonien führte, konnte über RT-PCR Amplifikation analysiert werden. Auch gelang der Nachweis von Hanta- RNA in Bisamratten, die sich offenbar erst seit ihrer Einführung in Europa (1905) mit Puumala-Virus infiziert haben.
Studien zum Dengue-Hämorrhagischen Fieber wurden in den Philippinen ausgeführt.  Dabei wurden serologische Daten (IgM- IgA-, IgG-Antikörper gegen Dengue-Virus) bestimmt. Dengue-Virus konnte aber auch in Gewebekultur isoliert und Sequenzen von PCR Amplifikaten erhalten werden. Die Daten zeigen, daß in ca. 70 % der Krankheitsfälle eine Dengue-Infektion vorhanden war und daß Dengue Typ2 in der untersuchten Region vorherrschte.
Die Mikrobiologische Zentraldiagnostik (MZD) führt die direkte Identifizierung bakteriologischer, parasitologischer und virologischer Untersuchungen, Serodiagnostik auf Parasiten-, Bakterien-, Rickettsien- und Virus-Infektionen durch. Wegen ihrer Spezialisierung erhält die MZD Materialien aus allen Teilen Deutschlands und auch aus einigen Nachbarländern. Neue diagnostische Entwicklungen sind der Einsatz rekombinanter Antigene zur Diagnose der Amöbiasis und Schistosomiasis sowie die Diagnose von Mikrosporidien-Infektionen durch eine typenspezifische PCR.

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